Quách Ninh Ninh sinh vào tháng 7 năm 1970 ở thủ phủ Thẩm Dương của tỉnh Liêu Ninh, Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa. Bà lớn lên và tốt nghiệp cao trung ở Thẩm Dương, thi cao khao vào năm 1987 và đỗ Đại học Thanh Hoa, lên thủ đô nhập học từ tháng 9 cùng năm, tốt nghiệp cử nhân chuyên ngành hệ thống tin tức quản lý vào tháng 7 năm 1991.[1] Sau đó, bà tiếp tục theo học chương trình nghiên cứu sinh toàn thời gian ở Trường Quản lý kinh tế của Thanh Hoa, rồi nhận bằng thạc sĩ vào tháng 6 năm 1994. Sau đó 3 năm, bà trở lại làm nghiên cứu sinh sau đại học về toán kinh tế ở Thanh Hoa, trở thành Tiến sĩ Kinh tế học vào tháng 6 năm 2003. Ngoài Thanh Hoa, bà từng theo học tại chức về quản lý công thương cấp cao ở Trường Kinh doanh Quốc tế Trung Âu được hợp tác bởi Trung Quốc và Liên minh châu Âu, nhận thêm bằng MBA. Quách Ninh Ninh được kết nạp Đảng Cộng sản Trung Quốc vào tháng 3 năm 1999.[2]